l’Unité du Conseil de recherches médicales : Gambie de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (MRCG at LSHTM) a marqué une réalisation majeure dans l’étude longitudinale de la population, visant à améliorer les données génomiques dans la sous-région.
Avec le soutien de UK Research Innovation, le projet a séquencé plus de 200 génomes et épigénomes humains complets de haute qualité à l’aide de l’Oxford Nanopore Technologies (ONT) PromethION, devenant ainsi le premier sur le continent à atteindre une telle étape.
Le professeur Andrew Prentice, chercheur principal du projet, a commenté : « La remarquable méthodologie ONT permet des lectures ultra-longues de génomes humains entiers avec l’avantage supplémentaire de l’appel de méthylation, ce qui est essentiel pour nos études épigénétiques. Produisant plusieurs téraoctets de données, la technologie présente des défis considérables en matière de stockage de données et de bio-informatique qui ont été surmontés pour atteindre ce premier jalon. Nous nous attendons à ce que ces connaissances nous permettent de mieux comprendre comment le régime alimentaire d’une mère au moment de la conception réinitialise le méthylome de sa progéniture dans les tout premiers jours après la conception, avec des effets à vie sur la santé.
Les 200 génomes, issus de la cohorte HERO-G (Hormonal and Epigenetic Regulators of Growth), sont très bien caractérisés car les femmes enceintes ont été recrutées dans l’étude avec suivi jusqu’à la naissance et les nourrissons jusqu’à l’âge de 24 mois. Ces données permettront d’étudier à l’échelle du génome les signatures d’effets épigénétiques sur tous les loci susceptibles d’affecter la croissance et la santé tout au long de la vie.
Le Dr Abdul Karim Sesay, chef de la plateforme stratégique de base en génomique au MRCG, a souligné l’étape importante du projet dans la recherche en génomique.
« L’investissement courageux de MRCG à LSHTM dans l’établissement d’un cluster de calcul haute performance et d’une installation de génomique à la pointe de la technologie a porté ses fruits avec l’étape que nous célébrons. Avoir des échantillons humains qui ont été collectés en Afrique, traités en Afrique, un séquençage complet à haute couverture en Afrique et MRCG à LSHTM est énorme. Je suis fier de faire partie de ce développement réussi », a-t-il déclaré.
Il a ajouté que la collaboration avec ONT PromethION pour faire progresser la recherche en génomique a commencé il y a plus d’une décennie et s’est renforcée au fil des ans. Le soutien et l’engagement de la direction de l’ONT envers le MRCG, la plateforme et nos partenaires régionaux ont été exemplaires et productifs, a-t-il souligné.
Prachand Issarapu, chercheur postdoctoral au MRCG de la LSHTM, a souligné : « Cela représente une étape mondiale importante car cela nous permet non seulement de découvrir les mystères des génomes africains, mais aussi d’accroître leur représentation à l’échelle mondiale. C’est une réalisation attendue depuis longtemps, et je suis impatient d’explorer ce trésor de données.
MRCG à LSHTM entretient une relation de longue date avec l’ONT, étant le premier sur le continent à acquérir à la fois les systèmes GridION et PromethION et à obtenir la certification en tant que fournisseur de services pour ces technologies.
Jarra Manneh, responsable du laboratoire de séquençage au MRCG à la LSHTM, a souligné que « c’est en effet une grande réussite non seulement pour le MRCG, mais aussi pour le continent africain, car cela s’ajoutera aux petits génomes africains disponibles là-bas. Tout cela est possible grâce aux investissements réalisés en génomique et à l’environnement favorable disponible dans l’unité pour mener de telles recherches.
Célébration d’une étape importante dans la recherche en génomique – Journal Foroyaa
